然而，进入新世纪以来，中日在台湾问题上的摩擦再次加剧。二○○一年、二○○四年，不顾中国强烈反对，日本两次同意「台独」势力头面人物李登辉访日。与此同时，日本进一步提升对台关系，公开或秘密地加强与台湾的官方关系和军事关系。二○○五年春，日本追随美国，以有损台海安全为由，明确反对欧盟解除对华武器禁售。同年二月，日美又将台海安全列为「共同战略目标」，并于十月就强化日美军事同盟、加强军事一体化达成新的协议。日本的这些做法引起了中国人民的强烈不满，加深了中国对日本走向的疑虑。
值得指出的是，中国对日本在台湾问题上的言行往往比对美国更敏感，反应也更强烈。这不仅是因为日本有侵占台湾的历史，日本与「台独」势力的发端有历史渊源，而且还有地缘政治上的原因。许多中国人认为，即使有一天美国愿意接受两岸和平统一的前景，日本也难以接受。
在处理台海问题时，上述情况需要认真考虑。但是，我们也应清醒地看到，在外部因素中，对台海形势影响最大的，当前是美国，今后也仍将是美国，「美主日从」的局面不会轻易改变。这不仅是由美日两国的实力对比和两国在同盟中的不平等地位所决定的，而且是由中日两国的力量对比和两国关系的复杂性所决定的。因此，要防止因感情因素对于日本在台湾问题上的消极作用做出不切实际的判断。二○○五年春，日本同意将台海和平列为日美「共同战略目标」，做出了进一步向美国靠拢的姿态，但这并非是日美同盟合作性质上的变化，而是把既定的方针公开化，象征意义大于实际意义。而且，在当前的形势下，美日将维持台海和平作为「共同战略目标」，既有制约中国的一面，也有制约台湾的一面。维持台海现状，避免与中国发生军事冲突，仍是美日的共同利益。
展望未来，日本不会轻易改变其长期以来实行的「一个中国」和不支持「台独」的政策，而从其自身利益出发，也希望维持台海的和平局面。但由于台湾未来的政治走向仍存在很大的不确定性，台湾问题难以在短期内解决，而「台湾地位未定论」在日本又一直存在，日本国内也一直有强大的政治势力希望以台湾问题牵制中国的发展，由此决定了中日在台湾问题上的摩擦将长期存在。从近期看，二○○五年春以来台海两岸关系发生的积极变化有利于缓和中日在台湾问题上的摩擦，这一变化如能持续下去，将明显有利于中日关系的改善；但如果台海形势再度紧张，双方在台湾问题上的摩擦也会随之迅速上升。由于台湾问题事关中国的核心利益，又含有复杂的地缘政治因素和美国因素，在今后较长的时期内，这一问题可能超过历史问题，成为中日间最大的摩擦点。
（三）领土及海洋权益问题
中日双方在钓鱼岛及东海海域划界等问题上存在着严重的争议。在二十世纪七十年代，为实现中日邦交正常化和签署《中日和平友好条约》，双方采取了搁置争议的办法。在八十年代，在此问题上，总的看形势较为平静。在九十年代，摩擦有上升的趋势，但在双方努力下，争议基本上得到控制，还取得了一些积极性的进展，如日本右翼在岛上的活动减弱，两国达成渔业协定，双方就海洋调查问题建立了「通报制度」等。但近年来，随着双方争执的不断升温，钓鱼岛及东海问题已成日间的主要热点之一。
当前双方的争议相当复杂，涉及领土主权（钓鱼岛问题）、主权权利和管辖权（大陆架问题、专属经济区问题及与其相关联的资源开发、海洋科研、海洋环保等问题）。近年来，双方在这些问题上摩擦不断，是有多方面原因的：
首先，在钓鱼岛问题上，尽管长期以来中国政府采取了非常务实的政策，主张「搁置争议，共同开发」，日本政府却对争议采取「不承认」的态度，致使双方无法找出解决问题的办法。长此以往，不进则退，摩擦难免增加（过去一直是日本右翼势力上岛滋事，二○○四年中国民间人士也开始采取登岛行动）。此外，据报道，日本还一直要求美国改变中立态度并明显表态，日美同盟条约适用于保卫钓鱼岛。这不能不引起中国的极大警惕和强烈反对。
其次，在东海划界和能源开发等问题上，摩擦加剧的直接原因似乎是中国开始在该地区进行油气开发，【七】但根本原因则是冷战结束后，经济发展、海洋权益在中日发展战略中的地位日益突出，从而增加了双方在相关问题上摩擦与碰撞的可能性；而近年来日本对中国经济影响力迅速提升表现出的焦虑情绪，则为日本对中国开采活动做出过激反应做了最好的注解。
此外，双方在钓鱼岛及东海问题上的争执不断升温，亦与近年来两国民族主义上升和双方国民感情的对立不断加剧有关。在此情况下，面对出现的摩擦，双方舆论及民意都做出强烈反应，对摩擦推波助澜；两国政府控制争议的难度明显增大。
自二○○四年秋以来，中日已就东海问题进行了三轮磋商。在第三轮磋商中，双方一致认为应通过协商对话解决双方的分歧，在划界问题最终解决之前，首先实现共同开发。虽然目前双方关于共同开发的方案还有很大的差距，第四轮磋商又因小泉再次参拜靖国神社而推迟，但磋商已取得的共识充分肯定。中日双方应坚定不移地朝着实行共同开发的方向走下去。
其实，到目前为止，面对难以解决的领土和海洋权益争议，邓小平提出的「搁置争议，共同开发」的方针，仍是最好的解决办法。而中日两国的共同经历也表明，在此类问题上，只要双方有诚意，愿意协商合作，即使难以彻底解决问题，较好地控制争议，是可以做到的。
展望未来，只要双方坚持共同努力，中日完全有希望通过对话谈判首先解决东海共同开发问题，使摩擦转变为合作，为解决划界问题创造有利条件，并为未来逐步解决钓鱼岛问题，做出有益的尝试。当然，解决后者的难度要比解决前者大得多，双方在钓鱼岛问题上的分歧将长期存在。控制分歧，减少摩擦，不使其影响中日关系的大局，应是两国在此问题上的基本方针。
关于中日关系发生重大变化的原因
面对当前中日关系的严峻形势，正确认识和分析造成这一状况的原因十分重要，这是当前稳定和改善中日关系，并最终促进两国关系不断向前发展的重要前提之一。
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