1995年承星云大师之命，协助兴办佛光山所属的南华大学。我的政府工作划下句点，开始了专职的学术工作，这是我从工程师转到外交官后的第二次人生转折。
1996年台湾进行第一场“总统”大选，星云大师希望我多为陈履安先生帮些忙，这也使我因缘际会地投入了这一场历史性的选战，从1995年秋起，担任陈履安阵营的政策总干事。我还记得，为陈履安所准备的白皮书有关两岸部分，就是主张“整个中国”与两岸成立“共同体”，这其实也是我多年的研究的心得，希望能够透过“总统”大选，让理性与互利的两岸关系论述能够有效传播。不过，理性的呼声比不过情绪性的渲染，当时的李登辉是东方不败，任何人都不是他的对手，他已经成功地激发了台湾与大陆的对立，两岸从同为中国人已经快速地往“我是台湾人”滑动，北京对台北在国际组织的打压、飞弹试射，都为李登辉催出一张张的选票。理性的政策讨论不仅没有必要，甚而是多余。李登辉轻松地赢得了那一次的选举。
选战结束，我继续南华大学的建校工作。自1996年秋起，除了担任南华大学亚太研究所所长外，亦开始积极撰文立论，分别在国际关系、欧洲研究与两岸关系方面着手，在两岸关系方面，从1998年到2003年间陆续地完成了《两岸“主权”论》、《两岸统合论》、《全球化与两岸统合》等三本书，完整地建构了两岸关系的思想体系。在这个体系中，我提出“整个中国”、“第三主体”、“重迭认同”、“两岸统合”、“两岸治理”、“两岸三席”……等概念。
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