2003年秋天是人生的再一个转换，台湾大学政治学系给了我一个可以在最高学府任教的荣誉，这也等于给了我一个可以再次以实际行动关怀整个社会的机会。
2004年3月的“总统”大选，两颗子弹疑云，使全台湾的对立拉高到极点，在抗争无效后，泛蓝内部当时的士气是一片低迷。这个时候，黄光国与谢大宁两位教授找到我，共同筹组“民主行动联盟”，期盼以实际行动引导台湾不要迷失。
黄光国教授为何会找上我，他日后告知，在他看来，台湾所有问题都源于两岸关系无法妥善处理与解决，要让台湾的民主正常化，必须以妥善处理两岸关系为前提，否则民粹终究亡台。据他打听，我对两岸关系有研究，也读了我的一些书，希望能够共同努力。
就这样，我与这位以前只闻其名的学术前辈，以及后来成为莫逆之交的谢大宁教授，还有一群志同道合的朋友一起在台湾的街头出现，凝聚我们的是相同的认知：两岸关系必须和平发展。一直到2008年，我们所有的政治社会运动均以此为目标。
因为缺少道德正当性，陈水扁即使在2004年当选，但却面临内外的挑战。面对内部的抗争，陈水扁以他的意志战胜了国民党的政党领袖，中止了抗争活动；面对外部的质疑，高达6108亿军购成为陈水扁向美国寻求支持的一个手段。在这一个时间点，我们决定推出反6108的运动，由我担任“反6108军购联盟”总召集人，举办万人游行、撰文呼吁、结合意见领袖、创造舆论压力，以阻止两岸陷入军备竞赛而带来的可能军事冲突。我们的逻辑很简单，要讨论是否军购，必须先确定台湾的整体国防政策，要确定国防政策，必先确定两岸关系的定位。民进党政府一直拒绝与我们对话，不过，在国民党与亲民党的支持下，包括爱国者三型飞弹、PC反潜机与柴油潜舰一直无法在“立法院”通过。
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