1985年，山东大学古籍整理研究所开设第一届研究生班，杜泽逊毫不犹豫选择报考。读研期间，他刻苦钻研版本学、目录学等专业课程。1987年，研究生毕业的杜泽逊留校任教，担任历史学家王绍曾教授的助教，全身心投入文献典籍整理研究工作。
“一次淘书经历开启了15年的研究之路”
1987年开始，杜泽逊跟随王绍曾参与《清史稿艺文志拾遗》编纂工作。此后，杜泽逊多次赶往北京送稿。每次到北京出差，杜泽逊都有一个习惯——去琉璃厂淘古书。
1992年冬天，来北京送稿的杜泽逊照例到琉璃厂淘书。寻觅半日，杜泽逊发现了一套四册的《四库全书附存目录》刻本。“《四库全书》是我研究生阶段的研究重点，这套书可以帮助我对‘四库全书存目’进行细致研究。”杜泽逊回忆，“没想到，一次淘书经历开启了15年的研究之路。”
《四库全书总目》共记载1万多种书，其中约1／3被收入《四库全书》，而6793种书没有被收录，只出现提要，称作“四库全书存目”。“‘存目’书籍中不乏顾炎武、汤显祖、袁宏道等名人的著作，研究整理这些书籍的版本、特征等，对于推动古籍传承具有重要意义。”回到济南后，杜泽逊迅速投入“存目”研究，着手撰写一份“存目”传世情况的详尽调查报告。
杜泽逊买了十几个硬皮本子，和妻子分工协作，把“存目”中6793种书的书名、卷数、着者及朝代细致誊抄。一有出差机会，杜泽逊就揣着本子，到当地寻找相关书籍的下落。
正当杜泽逊紧张收集“存目”书籍、对“存目”进行研究时，第三次全国古籍整理出版规划会议召开。会上，原文化部文物鉴定委员会委员周绍良提议编印《四库全书存目丛书》。知道这一消息后，杜泽逊将自己的研究计划整理出来，邮寄给相关单位的多位专家。很快，专家们回信表示支持。
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