随后，马英九以“中华民国总统”名义在美国《华尔街日报》发表“南海的和平计画”文章。文章强调，根据史料、地理及国际法等坚实基础，台湾一直将南沙、东沙、西沙、中沙群岛及附近海域视为中华民国固有疆域。他呼吁，为了和平解决南海争议，周边海域各方应自我克制，维护和平与稳定，避免采取任何可能加剧紧张局势的片面行动；同时尊重国际法的原则与精神，包括联合国宪章及联合国海洋法公约，透过对话和平解决争端，共同维护航行飞越的自由与安全。
在两岸南海合作问题上，马当局态度保守，不认同、不支持。台“陆委会”于2014年再次表示“目前并无与大陆合作的规划”。不过，台湾蓝营人士与蓝营媒体普遍造成两岸在南海问题上的合作。海基会前副董事长邱进益表示，两岸如果能够联手公布（南海）档案，对美国想要废除九段线的企图是很好的回应。他表示，南海诸岛是中国的既有疆域，大陆填海造陆行为合理合法，不可以用上世纪80年代制定的《国际海洋法公约》约束中国对南海的主张⑦。台湾“海巡署”海岸巡防部总局长许绩陵于2013年的硕士论文中建议两岸搁置南海主权争议，建立南海的联合搜救机制，在南海进行实质联合海上救援演练。
（二）民进党的南海政策主张
2000年初，民进党上台执政后，将南海问题作为谋求与周边相关国家发展实质关系、共同对付大陆的政治手段，而不再坚定维护“中华民国”的南海主权立场。民进党对南海主权的立场变得十分消极，不再遵守与执行国民党执政时制定的《南海政策纲领》。尤其是在民进党当局将大陆作为最大敌人并谋求“台湾独立”的战略下，极力企图以“台湾”名义作为一方参与南海问题的多边对话与谈判。其战略出发点并非要维护“中华民国”对南海的主权，而是旨在扩大台湾的国际空间、突出台湾的“国家”地位。
2002年初，在中国政府与南海主权争议相关国家签署《南海各方行为宣言》及达成“搁置主权，共同开发”的共识后，陈水扁当局开始重新重视南海问题，南海政策策略有所调整。2005年5月，陈水扁当局将“南海政策小组”及相关业务由“内政部”改归“国家安全会议”，层级有所提升。随后，台湾“国安会”将南海、东海及西太平洋等相关“国家安全业务”合并交由“国安会”下设的“海域情势会报”机制处理。同年9月，陈水扁作为台湾地区领导人首次登上太平岛；2008年2月，陈水扁再次登上太平岛，发表《南沙倡议》，呼吁南海周边国家依据《联合国宪章》与《联合国海洋法公约》和平解决南海争端，台湾愿意在主权平等的基础上，授受《南海各方行为宣言》，并希望参与正在研拟的《南海行为准则》。显然，陈水扁当局是希望以一个独立的“主权国家”身份参与南海对话与合作，扩大台湾在南海问题上的影响力，提高台湾的国际参与度。
民进党执政时期，对于越南、菲律宾等国侵占南海主权行为很少表态抗议或反对，没有或很少公开宣示维护“中华民国”对南海的主权，关键在于谋求政治上独立的民进党当局，将中国大陆视为最大的敌人与对手，甚至企图以牺牲南海主权换取周边国家对台湾的支持。
2007年，民进党当局一席抛出“重新界定中华民国领土”的主张，其实有意放弃南海等疆域。近年，台湾岛内多次传出民进党将放弃南海争议岛屿的主权主张⑧。2015年5月26日，马英九提出“南海和平倡议”，即将访美的蔡英文则表示，民进党对于南海主权的主张，一向认为应该要依据国际法处理，尤其是联合国海洋法公约，我们坚持以和平理性的手段处理，绝不放弃太平岛的主权，并再三强调、主张、坚持在公海上的自由航行，不接受任何挑衅行为⑨。这一表态耐人寻味。蔡英文不是表示维持南海主权，而是绝不放弃太平岛主权，意即会放弃其它四岛及附属岛屿的南海主权。外界也在怀疑蔡英文于2015年访美时的“密谈”是否存在“弃海就岛”的政治交易。
民进党的南海政策是服从于民进党的总体政治战略，服从于对美政策以及两岸政策，在“联美制中”的战略框架下，在南海问题上显然是屈从美国，反对两岸在南海问题上的合作。
近年来，多位绿营人士陆续主张，台湾对南海的主张“须思考联合国海洋法公约中有关领海的各种主张，尤其是〈联合国海洋法公约〉第121条”（“岛屿”必须是海水涨潮时仍露出海面的自然陆地，如果只是海水淹没的岩礁，不能维持人类居住或其本身的经济生活，就不应有经济海域或大陆礁层，只能有12海浬的领海。如此一来，台湾就会掉入美国的圈套，U型线中和岩礁、低地，海水涨潮就没入水中，南海的固有领域就会被掏空，甚至危及太平岛的占领⑩）。民进党驻美代表吴钊燮于2014年底在美国华府发布第8号“国防政策蓝皮书”，其中提到“如果民进党执政，会将太平岛建设为人道救助与灾害防救的前置基地，并主动协助东协人道救援中心、日本对东盟整合基金、美国国际开发总署，执行海外人道救援与灾害防救任务”⑪。显然，民进党企图在南海引入美、日势力，配合美日在南海问题上对抗中国大陆。民进党人士表示，马英九提出的南海和平倡议是中国“唱合”，是极力反对两岸南海合作的有力佐证。
除民进党政治人物外，绿营学者与绿营媒体也反对与排斥海峡两岸在南海问题上合作的。“台独”媒体《自由时报》，不仅反对马当局与大陆在南海问题上的任何可能合作，也对两岸学界有关南海问题的讨论与合作表达反对，对台湾“海巡署”海岸巡防部总局长许绩陵于2013年的硕士论文中建议两岸搁置南海主权争议、建立南海的联合搜救机制、在南海进行实质联合海上救援演练观点进行质疑，甚至怀疑马当局的两岸南海政策变化。
总体讲，蔡英文等民进党高层对南海主权问题的表态相当模糊，没有坚定维持南海主要的意志。2015年6月，蔡英文在美国纽约与学者座谈问及民进党的南海政策基本原则时，蔡英文仅表示依国际法、国际海洋法公约相关规定处理。不过，蔡英文与民进党有“放弃除太平岛以外的南海主张”考虑，未来动向值得高度警惕。
（三）台湾蓝、绿对南海“U型线”的主张差异
在南海主权争议问题上，中国政府或海峡两岸长期坚持的“十一段线”或“九段线”立场（大陆使用“九段线”，台湾使用“十一段线”，概念有所不同，但法律依据则是相同的），是非常关键的法理依据。不过，在海峡两岸尤其是台湾蓝绿在这问题上的立场出现差异。2014年2月，美国亚太事务助理国务卿丹尼尔．拉塞尔在众议院听证会上指责中国在南海基于“九段线”的领土要求缺乏明确性，并应做出符合《联合国海洋法公约》规范的调整后，美国也开始要求台湾对南海断续线的立场做出澄清，并不断对马当局施压。同年9月，前美国在台协会台北办事处处长司徒文公开表示，台湾“应放弃九段线的海域”，仅主张太平岛周边200公里经济海域。不过，马当局在这一问题上的立场至今没有松动。尤其是为回应美国，马当局于2014年9月1日至10月31日在台北举办包括1947年“南海诸岛位置图”划定的U型线在内的“中华民国南疆史料特展”，随后在高雄、台中展出，并召开了相关的学术研讨会，以史证明“中国（中华民国）对南海的主权主张的历史与法理基础”。马英九在开幕典礼上强调，“在南海议题上，政府会坚定捍卫国家主权，透过搜集及提出相关史料以彰显我主权主张，并找出降低区域紧张的方式，以和平解决争议”⑫。9月13日，台“外交部”发言人针对美方的施压指出，无论从历史、地理还是国际法而言，南沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、东沙群岛及周遭水域都属中华民国固有领土及水域，不容置疑。
由于美国对南海问题的介入及对U型线的立场正在发生新的变化，也对两岸维护这一南海问题的基本立场提出挑战。2014年2月，美国前安全官员贝德提出，美国应和台湾就南海问题进行谘询，并表示“美国政府应和台湾讨论九段线的意涵，希望台湾澄清，并要求台湾接受《联合国海洋法公约》规范”（但美国却一直未批准该公约）。台湾师范大学政治研究所教授王冠雄认为美国的主张不合理，中华民国在1947年建九段线，而海洋法公约是1982年制定，后法无法适应之前规范之行为。他同时认为，当时国民政府不是要作为其国界线来对待，而是否为岛屿归属界线，则可进一步探讨。线里面的水域的法律定位，绝对不是领海概念，也不会是之后许多海洋法公约所界定出来的概念，更突出了我们所主张的历史性权利或岛屿归属性等问题⑬。蓝营学者虽然认为可以在南海问题上的合作，至少不排斥，但仍然担忧岛内政治因素的复杂性。
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