一是问下不问上。如有的上级单位将监管权、监督权、执法权等权力，以人手不足、事多繁杂等为由，交由基层政府特别是乡镇政府履行。这种情况下，基层政府执行上级部署的各项任务，实际上是受上级委托而为之，决策权仍在上级。但出了问题之后，一些问责只对基层政府和具体执行任务的人员问责，却不问上级单位和相关领导干部的责任，问下不问上，导致权责不对等。
二是边界不清晰。关于问责的对象，问责条例中有明确规定，有的地方却把追究直接责任的案件当成问责案件，把不适用问责条例的情形也用问责处理，存在对象边界不清晰、性质认定不精准的问题。如有的把单位负责人个人参与公款旅游违反中央八项规定精神问题也作为问责案件处理，导致边界模糊。
三是把握不准确。问责是政治性、政策性很强的工作，必须坚持实事求是，依规依纪、精准实施。而实践中，有的错误理解和执行“快查快处”要求，调查不深不实，出现简单粗暴、生拉硬拽、刻意拔高等情况。
四是程序不规范。问责条例关于问责程序如何启动、如何办理都有严格规定。然而，有的党组织和领导干部却搞主观臆断，一问责就要追究纪律责任，一追究纪律责任就马上要结果，不按程序规定和要求，导致问责失去了程序保障。
五是整改不落实。问责与整改，是手段与目的的关系，问责的目的就是鞭策、激发党员干部担当作为，推动解决问题，取得工作实效。然而，有的却本末倒置，问责后没有提出改进工作的意见建议，一问了之，甚至用问责代替整改。如有的在上级部门检查工作后，把问责几个人作为应付检查的方式，至于问题如何解决、由谁整改，却无人问津。
王瑞琼：问责是全面从严治党的利器。“动员千百遍，不如问责一次”“有权必有责、有责要担当、失责必追究”。高悬问责利剑，剑指党员干部担当“塌肩膀”、干事“软无力”的弊病，通过有效问责能促进各级党组织、党的领导干部负责、守责、尽责，践行忠诚乾净担当。但若是滥用问责或者在问责工作中严重不负责任，不但不能发挥问责激励担当的作用，还会挫伤党员干部干事创业积极性。新修订的《条例》在第十章“对违反工作纪律行为的处分”中增写第一百三十七条，专门对滥用问责或者在问责工作中严重不负责任违纪行为作出处分规定，具有重要实践意义。
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